納豆キナーゼは納豆菌から分泌される酵素です。大豆と納豆菌が発酵する際に納豆キナーゼが分泌されます。市販されている納豆には納豆キナーゼが含まれていますが納豆キナーゼには熱と酸に弱いという弱点があります。

熱いご飯に納豆をかけてしまうと、納豆キナーゼの活性が急激に低下します。胃酸にも弱いので酵素活性が下がり、実際に体に取り込まれる納豆キナーゼはほんのわずか、もしくはゼロ限りなく近いという可能性が高いです。
だから、サプリメントで摂るのが効果的なんです。

日本納豆キナーゼ協会の FAQ より